Как создать единый источник в HM?

Прекрасный вопрос!
Мои варианты автоматизации в H&M были для решения Вашей задачи сначала просто блестящие, особенно для версии Server, пока не дочитал до слов "изменения в документацию вносить один раз в единый источник и потом из него собирать проекты в формате PDF". К сожалению, в качестве ведения единого источника, такая возможность H&M как Модульные системы помощи (Modular Help Systems - главный проект, включающий в себя все проекты пользователей, находящийся на сервере и собирающийся либо при компиляции, либо "на лету"    не годится без использования системы Публикации задач (Publishing Tasks), так как для .pdf-публикации будет сформирован один файл!, а формировать pdf-документы, как я понял, придется разные.

Соответственно, для Вашей задачи, предлагаю такой вариант:
1. Если необходимо - создаем единый источник, используем для этого один мастер-проект в формате *.hmxP(uncompressed XML);
2. В качестве одинаковых элементов, подлежащих редактированию, для вставки одного и того же содержимого в разные документы, используем сниппеты(snippets). В качестве сниппетов, можно использовать любые внешние xml-файлы, топики других проектов и топики мастер-проекта (в котором также могут находиться и сниппеты, и топики других проектов    );
3. В меню File->Publish заходим в Task Manager и создаем новую задачу (New Task), выбираем Add new Task Action, PDF;
4. В созданной задаче выделяем Publish as PDF, при необходимости задаем свои "билды" (Include Options) и определяем нужные нам переменные (Custom Variables);
5. Выбираем опцию more... и сохраняем генерацию текущего проекта в .cmd-файл (Generate Publish Batch file);
6. Открываем в H&M следующий проект, который нужно сгенерировать в .pdf и проделываем для него шаги 3-5;
7. Все полученные .cmd-файлы склеиваем в один (копируем строки каждого .cmd-файла в любом текстовом редакторе и кидаем построчно в один файл; сохраняем его с расширением .cmd или .bat.

Все! После того, как вы внесете изменения в сниппет(ы), для публикации всех pdf-файлов Вам понадобиться лишь один раз запустить склеенный .cmd-файл!

P.S.: Если лень склеивать, то формат .cmd-файла такой:
"путь к H&M" "проект" "/tsk=имя вашей задачи:Publish as PDF"
К примеру: "C:\H&M6\HELPMAN.EXE" "C:\H&M Projects\002\34GOST\PM.hmxz" "/tsk=Master-PDF:New Publish Definition"

P.P.S.: Да, чуть не забыл... Не знаю как в ранних версиях, но сейчас можно использовать один .cmd-файл для всех задач:
HELPMAN.EXE + Project + /TSK + /TSK...